中国农业科学院农业基因组研究所（以下简称基因组所）是由中国农业科学院和深圳市共同打造的现代创新型研究所，主要开展农业基因组学研究和大数据分析，于2014年1月获批成为深圳市二类事业法人单位，2016年8月获批成为中央事业单位法人。
基因组所根据“基础所”、“前沿所”、“平台所”、“人才所”和“深圳所”的战略定位，以农业基因组学技术创新体系为核心，建设了农业生物组学基础、基因组学与动植物育种、基因组学与动植物健康三大学科领域的18个学科方向，组建起12支多学科多层次的科研团队，并取得了一批具有国际影响力的研究成果，截至2016年底，累计获得国家和省市级科研项目100余项，发表SCI论文70余篇，科研经费1.5亿元。
基因组所以深圳速度边筹建、边科研、边出成果，构建了覆盖全产业链条的创新平台，建设了农业部“农业基因数据分析重点实验室”，深圳市“农业基因组表型分析与利用重点实验室”，拥有国内*大的农业基因组数据分析平台，计算峰值达50万亿次。与国际水稻研究所联合建立了“基因组辅助种质创新”国际合作实验室。研究所占地2200亩，其中科研试验用地1260亩，建成水稻育种试验区、温室、网室、冷藏室1万余平米，建设了30亩菊花资源圃，积极开展科普宣传等社会公益活动。
基因组所以事业聚才，靠感情留人，组建了12支创新团队，积极吸引海内外优秀人才，包括国家杰青、973首席、*以及万人计划入选者多人，广东省“珠江学者”1人，深圳孔雀团队1个，并在机构设置、绩效考核、薪酬体系等方面积极创新，形成了充满活力的现代化管理体制，被深圳市授予“五一劳动奖状”。全体师生正在以拓荒牛的精神，在粤港澳大湾区的怀抱中潜心科研，努力创新创业，为建设国际一流的基因组学研究中心而不懈奋斗。
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