厦门市儿童医院(复旦大学附属儿科医院厦门医院）于2014年6月1日开业，在复旦大学附属儿科医院的引领下，目前已开放编制床位500张，开设新生儿医学、儿童重症医学等41个临床医技科室，完成内外科二级分科（内科有呼吸、消化等13个二级专业，外科有新生儿外科、心血管外科等7个二级专业），成为闽西南*家达到国际新生儿救治评价体系的*高等级标准三级C。获批厦门市新生儿质量控制中心、厦门市新生儿疾病重点实验室、厦门市新生儿先天性心脏病筛查管理单位、厦门市早产儿救治优势亚专科建设单位、厦门市新生儿危重症救治重点专科、国家卫健委出生缺陷定点救治单位、全国儿童恶性肿瘤（实体肿瘤）诊疗协作组牵头单位、罕见病诊疗协作网医院、新生儿神经重症医学专项技术教学培训基地等。
医院与上海总院实行品牌、管理和技术的平移。医院设黄国英名医工作室、周文浩名医工作室、郑珊名医工作室，和曹云、董岿然、黄瑛三位特聘主任，以及33位相关专业学科带头人担任的学术主任，各项高难度业务相继开展，已接受厦门市及周边地区46家医院转诊危重症患儿万余名，已累计提供300余万人次的门急诊服务和10余万人次的住院服务，成为福建省有重要影响力的儿童专科医院。
艾力彼医院管理研究中心发布《2020年中国医院竞争力报告》中，我院排名34名，再次进入“2020年全国儿童医院50强”并位居福建儿科类（儿童专科医院、妇幼保健院儿科）首位。
2019年8月，厦门市卫健委与复旦大学附属儿科医院签订第二轮（2019年-2025年）托管协议，以建设国家区域医疗中心为战略目标。2021年6月医院获批第二批国家儿童区域医疗中心试点项目单位。
2022年1月8日，建筑面积为26699平米的国家儿童区域医疗中心重要配套项目—科研教学楼正式开工建设，预计2024年初竣工。
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