中国21世纪议程管理中心于1994年3月25日经中央机构编制委员会办公室批准成立，是国家科学技术部直属的国家全额拨款的事业单位。
中心的主要职责是：承担中国21世纪议程项目管理的有关工作；承担国家高技术研究发展计划资源环境技术、海洋技术领域计划项目的过程管理和基础性工作；承担国家科技攻关计划中资源、环境、公共安全及其他社会事业等领域和城市发展相关项目的过程管理和基础性工作；承担国家科技基础条件平台建设计划中科学数据共享平台、社会发展领域国家工程中心等的有关工作，推动可持续发展信息共享工作；承担气候变化等全球环境科技工作的组织实施，承担清洁发展机制（CDM）等方面工作和项目的组织实施工作；承担区域科技发展的有关工作，以及可持续发展实验区管理工作，推动地方21世纪议程和地方可持续发展的实施工作；开展清洁技术生产、生态工业、循环经济以及可持续发展领域的信息、技术与管理咨询服务，推动社会发展领域科技成果示范与推广，推动可持续发展能力建设工作；承担可持续发展等领域的国际科技合作与交流工作；研究可持续发展相关领域的发展状况、趋势和重大问题，为科技部宏观决策提出建议与对策；承担有关司局委托的工作；承担部领导交办的其他工作。
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