南京市食品药品监督检验院是依法设置的食品药品质量安全监督检验机构，隶属于南京市食品药品监督管理局，为全额拨款公益性事业单位，加挂南京市药品（医疗器械）不良反应监测中心、南京市食品质量安全监控中心、南京市医药培训中心。主要职能为食品药品质量监管提供技术保障，承担辖区内食品、食用农产品、食品添加剂及保健食品、药品、化妆品的监督检验；开展与药品、食品质量、检验等有关方面的科研工作；开展对本辖区内区级检验机构和相关企业质量检验机构的业务指导和培训工作。承担辖区内药品（含医疗器械、化妆品）不良反应资料的收集、管理、上报，承办药品不良反应监测信息网络的建设、维护工作。承担辖区内食品、药品、化妆品、医疗器械行政相对人的相关培训、上岗资格考试。承担全市食品质量安全监控工作。
市食药检院位于江宁区文芳路199号（地铁一号线药科大学站），占地3栋楼，建筑面积22565平方米。现有食品、药品、医疗器械、洁净厂房环境检测、保健食品、化妆品、食用农产品等七大类2829项标准检测能力，拥有液相色谱质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪、等离子体发射光谱质谱联用仪等大型检测设备350多台/套，总值9000万元。承担国家、省、市三级食品、药品监督抽检任务。
市食药检院现有112人，硕士博士占比54%，高级职称占比27%，其中国家食品安全标准审评委员会委员、全国标准化技术委员会委员、江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象、南京市有突出贡献中青年专家等多人。我院专技人员承担国家科技支撑计划、国家自然科学基金、省重点研发计划、食品安全国家标准、市社发科技计划等多项，获江苏省科技进步奖二等奖、南京市科技进步奖一等奖和二等奖等。
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