中山大学附属小学原名岭南大学附属小学，而岭南大学附属小学的前身是岭南大学基督教青年会会员于1909年创办的蒙养学塾。蒙养学塾办理完善，学生有一百多人，教员十多人。
1914年，小学由原岭南大学基督教青年会转交岭南大学接办，至此，岭南大学拥有大、中、小学三部。
岭南大学仿照欧美一些学校的学生管理方法，在中小学生的管理中，小学和相当于高等小学的中学低年级编入童子军。童子军意在训练儿童之品性，培养其对户外游戏及户外生活的兴趣，养成严守纪律的作风。
岭南大学在创办至二十世纪初，经费除学费收入外，皆出自外国教会和海外华侨捐款。
二十世纪二十年代末，小学收回岭南大学办理后，按《壬戍学制》改为六年，办学成绩显着，定为模范小学，供各校参观，并作为大学教育科学生实习之地。小学在行政管理上自成一个行政单位。幼稚园附属小学管理。
1952年院系调整，中山大学迁至岭南大学校址（即现中山大学校址）―新港路135号。中山大学附属小学与岭南大学附属小学（原岭南附小由岭南小学、青年会小学、儿童工艺所三间小学在解放后合并而成）合并成中山大学附属小学。中大附小人事关系隶属中山大学人事处管辖。
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