上海河口海岸科学研究中心成立于1998年6月9日,原名为交通部长江口深水航道科学试验中心,2000年1月更名为交通部科学研究院河口海岸科学研究中心,2005年6月改为现名。“上海河口海岸科学研究中心”是交通部设在上海的河口海岸工程研究基地,所属河口实验室1999年被交通部评定为首批部重点实验室,2005年被再度评定为河口海岸交通行业重点实验室。
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