国家蛋白质科学中心·北京（简称“凤凰中心”），坐落在国家科技创新示范区——中关村生命科学园的主入口，毗邻北京生命科学研究所、北京蛋白质组研究中心、生物芯片国家工程研究中心、蛋白质药物国家工程研究中心、北京大学国际医院等多家高水平的科研机构和产业化基地。中心大楼面积近4万平米，已于2015年9月开始试运行，于2018年11月通过国家验收。
凤凰中心依托国家蛋白质科学重大科技基础设施北京基地和蛋白质组学国家重点实验室组建而成，拥有高通量、高精度的蛋白质组研究平台，蛋白质功能分析平台、生物信息学平台、转化医学平台以及实验动物中心、生物样本库等系列配套设施，形成系统完善的蛋白质研究体系，主要开展蛋白质组学、代谢组学、蛋白质功能、生物信息学和转化医学等创新研究。
凤凰中心目前拥有国际上*出色的蛋白质组学和生物信息学技术平台，集成当前国际*先进的蛋白质组分析技术，生物信息平台基于自建的天河二号超级计算机，配置处理海量蛋白质组数据的软件系统，可以从海量数据中挖矿、掘金、凝练知识、解读蛋白质组学平台产出的海量数据，完成从样本制备至蛋白质组鉴定、定量、数据处理的一站式服务，作为国家生物大数据中心的核心，为生物医药行业提供全方位支撑，维护国家生物数字主权，保护遗传信息资源，独立支撑生命科学研究。
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