衢州市农科院始建于1959年，2012年11月在原衢州市农业科学研究所和衢州市柑桔研究所的基础上，整合组建衢州市农业科学研究院，定为市政府直属的公益一类事业单位，机构规格为正县级，主要承担我市粮油、果树、蔬菜、瓜果、食用菌等作物品种引进选育与新技术研究推广以及环境资源研究等工作职能。
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